Europska superračunala u traženju lijeka za covid-19

Tri moćna europska superračunalna centra – smještena u Bologni, Barceloni i Jülichu – sudjelovat će u projektu Exscalate4CoV, zajedno s farmaceutskom tvrtkom i nekoliko velikih bioloških i biokemijskih instituta. Projekt je pokrenut nakon hitnog poziva Europske komisije za iskazivanjem interesa 31. siječnja 2020. i dobit će sredstva vrijedna 3 milijuna eura za istraživanje razvoja, liječenja i dijagnostike cjepiva za covid-19. Projekt je dio koordiniranog odgovora EU-a , čiji je cilj raditi na konkretnoj platformi za pronalaženje lijeka koji bi se koristio protiv novog koronavirusa SARS CoV-2.

Ovo financiranje iz EU-a pojačalo je rad sa superračunalima na istraživanju liječenja lijekovima za covid-19, nadopunjujući klasični klinički pristup ispitivanja i pogreške i moguće eksperimentiranje na pacijentima. To se postiže usporedbom proteina virusa SARS CoV-2 s molekulama koje su pohranjene u bazama podataka.

Excalate4Cov sada obrađuje digitalne modele proteina koronavirusa i uspoređuje ih s bazom podataka o tisućama postojećih lijekova s ​​ciljem otkrivanja koja kombinacija aktivnih molekula može reagirati na virus. Drugi primjer potpore EU vidi se time što je Partnerstvo za napredno računarstvo u Europi (PRACEobjavilo 24. ožujka 2020. poziv za podnošenje prijedloga projekata, tražeći računalne resurse da doprinesu ublažavanju utjecaja pandemije virusa SARS CoV-2.

EXSCALATE platforma – jedan od rezultata projekta kojeg financira EU Antarex – potpuno je operativan u talijanskom Superračunalo centar CINECA, analizirajući proteine SARS CoV-2 na temelju podataka dostupnih iz znanstvene zajednice kako bi se ubrzao potragu za učinkovitu terapiju protiv virus pandemije.

Ostale europske inicijative za računanje također su dale svoju podršku tijekom izbijanja zaraze covid-19. Primjerice, primjene HPC-ovog centra izvrsnosti za računalno biomolekularno istraživanje BioExcel već se mogu koristiti na zahtjevnu, virtualnu provjeru potencijalnih medicinskih spojeva, poput lijekova s ​​malim molekulama i antitijela. Unatoč primjenjivosti ovisno o konkretnom slučaju pandemije, politika pristupa Zajedničkog poduzeća EuroHPC predviđa prioritetni i neposredan pristup svojim superračunalima u slučaju nužde, kao što je slučaj u pandemijskim krizama s kakvom se sada suočavamo.

Podijeli: